水运仪象台在历史上的地位，毫不亚于浑天地动仪。

那么，这尊天文仪器最终的命运如何呢？

北宋末年，金兵南下攻陷汴京，在城内奸淫掳掠无恶不作。皇宫中珍藏的宝贝均被洗劫一空，水运仪象台亦被运往金地。然而，在运输的过程中，由于路途颠簸，以至于，水运仪象台内的部件多有损坏，等到水运仪象台被送到燕京时，基本已失去了报时功能。

此外，由于燕京与汴京之间的经纬度存在差异，所以水运仪象台变得不再精准。金人将水运仪象台弃置于燕京城内，后来在一个阴雨天气水运仪象台遭到雷击，位于上方的浑天仪摔落。随着金为元所灭，水运仪象台最终被拆毁。

南宋建国之后，高宗曾多次主张再修一座仪象台。不过，当年参与水运仪象台设计的工程师多已亡故，因此高宗只能找来苏颂的助手袁惟几。可惜的是，袁惟几虽然参与了当年的制造工程，但并未掌握水运仪象台的核心技术，袁惟几研制了多年仍无法复刻当年老师所作的水运仪象台。

无奈之下，宋高宗又召见了苏颂的儿子苏携，希望他能以其父留下的笔记复制天文台。遗憾的是，苏携虽然也是一名出色的天文工作者，但他的水平有限，“亦不能通也”。到了后来，秦桧、朱熹等重臣也参与到水运仪象台的研制中，可这些大臣都是文臣，根本没有多少天文知识，仰仗他们发明天文台简直是天方夜谭。

从南宋复刻水运仪象台失败这件事里我们也能看出，苏颂的水运仪象台结构有多精妙。中华人民共和国成立后，清华大学刘仙洲于1953年─1954年发表《中国在原动力方面的发明》、《中国在传动机件方面的发明》两篇关于对此仪动力研究的论文，另外英国科技史学者李约瑟对此仪的动力也有研究，在1956年於《自然》杂志发表论文。

中国考古学家王振铎于1958年最先复原水运仪象台模型，除了发表《揭开了中国“天文钟”的秘密》论文外，还绘制了复原详图存世。该复原原件存放於中国历史博物馆；主要由苏州市古代天文计时仪器研究所复原并送至各地科技馆或天文馆收藏。