幸而日本人的诡计没能得逞，日本兵虽封锁了消息，但仍有不少知情的民工将消息走漏了出来。这件事被披露之后，迅速在舆论上掀起轩然大波。

1943年２月３日，关于玄奘佛骨出土的消息刊登在《国民日报》上。几天后，中央广播电台，《中报》等媒体也争相报道了此事。由于各方记者都在密切跟踪，所以日军迫于舆论压力不得不承认玄奘佛骨出土的事实，并对外展示了发掘报告。

高森部队将佛骨转交给汪精卫政府，期间包括佛骨舍利在内，共有许多出土的文物被移交。玄奘法师声名卓著，以至于当时的社会各界纷纷请求供奉佛骨。最终，南京汪精卫政府策划了一场分送典礼，将佛骨一分为三，分别由汪精卫政府、北京、日本各得一份。

后来，汪精卫政府将盛放佛骨的石函重新安葬，地点选在南京的普德寺，再后来，又变成玄武湖畔的小九华山。南京的这份佛骨舍利，后被一分为二，一份被供奉在小九华山的佛塔中，另一份则由鸡鸣山文物保管委员会保管。

中央文物保管委员会的这份佛骨，在1949年后几经转手，最终来到南京博物馆。1953年，南京博物馆又将佛骨送往南京毗卢寺供奉。1963年，时值玄奘法师圆寂一千三百年，栖霞寺准备召开纪念法会，特请来这份佛骨。1973年，南京灵骨寺修缮完毕，佛骨又被转移到玄奘纪念堂附近的佛牙塔里。