我们虽然无缘窥见大报恩寺的香火鼎盛，但在清人所绘的《大报恩寺全图》中，依旧能看到位于大报恩寺东侧的三藏佛塔。寺庙向来是与香火收入直接挂钩的，越是香火鼎盛的寺庙，僧人对佛骨的看护也就越周全。在几百年的时间里，玄奘佛骨受到了时人的保护。清圣祖时期，大报恩寺又迎来全面整修，三藏佛塔焕然一新。

世事无常，咸丰六年，大报恩寺面临毁灭性打击。太平天国的战火席卷南方，金陵亦被反贼所夺。由于大报恩寺与太平军信仰不和，遭到太平军的摧毁，古刹与佛塔毁于一旦，三藏佛骨亦被深埋地下。时人以为三藏的佛骨已经随着大报恩寺的毁灭不复存在，所以世人逐渐将其淡忘。

1942年，中国正面临最惨痛的一段时光。当时驻守在南京中华门外的军国主义分子高森隆介，率军队和民夫前往大报恩寺旧址，企图在此地修建神社，供奉日本的鬼神。（另说高森隆介修建的是飞机场，也有人说当时日本人修建的是军事仓库）民夫在破土动工时，从土里挖掘出一个石函，石函的上面雕刻着文字，记叙着玄奘舍利辗转的来龙去脉。

玄奘乃何许人也？东土佛教的奠基人。

我们知道，日本佛教便是从中原传播过去的，所以玄奘亦在日本享誉盛望。狡猾的日本人发现这石函中有可能是玄奘的佛骨之后，立即“请”来南京地区的文物工作者，命令他们辨别佛骨。经过文物工作者的判断，佛骨果真是玄奘法师的。意识到舍利的价值之后，日本人立即封锁消息，杀掉了参与挖掘的民工，企图将真相掩盖，神不知鬼不觉地将佛骨输送回日本。

类似的文化掠夺，在历史上频繁上演。

日本人的目的很简单，就是在中国没有察觉的情况下，将玄奘佛骨送往日本，然后编造出一段玄奘东渡的传说，将玄奘打造成日本文化的一部分。