兴教寺挺过了安史之乱，却没能挺过黄巢之乱。在这场举国动荡中，兴教寺被起义军焚烧殆尽。幸而寺庙里的僧人将玄奘法师的骨舍利带走，安放在终南山紫阁寺中。五代十国的大动荡，使宗教一度萧条。终南山紫阁寺在乱世之中鲜有香火，没过多久便萧条了。

到了北宋时期，紫阁寺已成为无人问津的荒山古寺。寺里的和尚，走的走逃的逃，留在寺里的仅剩几个垂暮的老僧。若是这些老僧过世，恐怕这座寺庙便会彻底颓废，消失在尘烟中。《金陵梵刹志》有云：

“古迹三藏塔，唐时建在寺内左，宋天禧寺僧可政往陕西紫阁寺得到唐玄奘顶骨，归塔于此。”

天禧寺的住持方丈可政，不忍见玄奘顶骨无人看护，于是，他便请求紫阁寺的住持移交玄奘顶骨。随后，天禧寺住持亲自将玄奘顶骨请到香火鼎盛的南京天禧寺，设塔供奉。自此，玄奘的骨设立与南京这座城市结下了不解之缘。

从北宋到明初，已更名为长干寺的天禧寺依旧保持着鼎盛的香火。金陵的信众很多，所以寺庙经费不愁，后来更有居士出资在南岗修建佛塔，将玄奘顶骨重新安置。可惜的是，明初经济萧条，没过多久南京的长干寺也颓废了。

到了成祖永乐十年，为了促进佛教发展，朝廷出资于天禧寺原址翻修大报恩寺，并建造了堪称“中世纪第七大奇迹”的琉璃宝塔。玄奘三藏塔墓前，一座高耸的三藏殿拔地而起，成为大报恩寺的标志性建筑。