弘治十八年，孝宗驾崩。孝宗临终之际，将太子托孤于萧敬。这位太子，即是后来的明武宗。正德年间，深受皇室重新的萧敬再次出任司礼监。虽然此时的萧敬已七十四岁高龄了，但每次武宗向他请教问题时，他仍能提出行之有效的解决办法。

鉴于萧敬年事已高，武宗特许他可以在宫里乘坐轿子。在当时，除皇帝和帝后之外，鲜有宫人能享受此特权。自正德十二年开始，武宗经常以巡查各地为由，出宫游玩，寻欢作乐。当时的文武大臣均不敢谏言，唯有萧敬站出来指正皇帝的缺点。

但遗憾的是，武宗独断专行，根本听不进老臣的劝阻。武宗颇为重视萧敬，每次他外出巡游，都会将宫中的大小事务交付于萧敬，让他留守。不论是内宫的宦官，还是外廷的大臣，每个人都很尊敬这位德高望重的老太监。

由于萧敬与宁王交好，两人的关系比较密切。所以，在宁王谋反案事发后，萧敬受到了牵连。武宗认为萧敬年事已高，且并未直接参与谋反，所以并未将其逮捕入狱。然而，死罪可免，活罪难逃，武宗让萧敬缴纳了一大笔罚银，并免去了他司礼监的职务。

在这段时间里，年过古稀的萧敬在宫外过了一段安静的日子。武宗驾崩后，世宗登基。世宗同样赏识老太监萧敬，认为他既有德有才，又熟悉宫中的大小事务。所以，世宗下旨将萧敬召回宫中，让他负责机务。

当时，明世宗按照祖制前往郊外祭天，已八十多岁的萧敬仍能有条不紊地安排一应事务。后来，每次世宗外出巡视，总会将萧敬带在身边，让这位有经验的老太监指导自己。不知不觉，萧敬跟随世宗已有几年了。

此时的萧敬，已经是一位白发苍苍的八旬老人，刚刚过完了八十五岁生辰的他依旧体格硬朗、头脑清明。在皇宫中行走时，萧敬仍能像其他太监一样，每一步都严守分寸。不过，由于萧敬早年执法严明，得罪了不少人，也为自己树立了许多政敌。

所以，世宗隔三差五便会收到一份弹劾萧敬的折子。

当然，这些折子中陈述的萧敬罪行，多半是子虚乌有的。例如在《请逐太监萧敬疏》这道奏折中，大员张原称萧敬“囊橐积资不下一二十万”。从萧敬的生平事迹来看，他从未做过贪赃枉法之事。况且此时的萧敬已是八旬老人，膝下无子，又怎会贪污那些黄白之物呢？

不过，朝中流传的风言风语太多，萧敬的心中也有数。此时的他，已无余力与政敌周旋，不如功成身退。

于是，萧敬向世宗请辞，告老还乡。