历史上的事件绝不会孤独存在。后金的虎视眈眈、农民起义气势如虹，明朝军队疲于应付，四川永宁宣抚使奢崇明看在眼中，心生反心。这时，朝廷募兵援辽，他的女婿樊龙带着人马来到重庆，言之凿凿的说去支援辽东，重庆守城官员哪知这是谎言，于是，开城门迎接，结果被斩了。很快遵义、成都先后沦陷了。

第二年，贵州水西宣慰同知安邦彦也起兵了，奢氏和安氏是互通婚姻，两家就是唇亡齿寒的关系。崇祯二年，奢崇明自称“大梁王”，安延邦则自称“四裔大长老”。朝廷前后用了十七年的时间，才平了“奢安之乱”，影响的省份有贵州、四川、云南、广东等。至于军费呢，光天启六年这一年，就从四百万两增加到了五百万两。

最终，奢崇明兵败被杀，奢家几乎没剩什么人了，其儿子隐姓埋名（余保善）。（大屯土司庄园是余（奢）家十一代苦心经营的建筑物）。至于水西的安氏，虽兵败但实力还在，明朝也没再对安氏强制执行改土归流。直到清朝取代明朝后，安氏才表示臣服。但是，吴三桂入主云南后，下决心要占了水西，为他日后称霸做准备。

于是，吴三桂对水西进行了长达三年的大屠杀，按照地方志的说法，最后只剩下了三十八户水西彝民，他们可是在这块土地上生活了上千年。

朝廷在镇压奢、安之乱时，征用了大量云南土司兵，等于是给他们提供了一个练兵机会。果然，崇祯四年，滇南阿迷州土司普名声叛乱，次年普名声死了，他的妻子万氏继续带着大家和明朝作对。

万氏的做法和普名声不同，一边接受招抚，一边暗地里烧杀抢掠。后来，安南土司沙定洲成了万氏女婿，沙普合流乘着明朝亡国继续作乱。这股势力持续时间长达36年，直到康熙四年，残余势力才被吴三桂完全清除。

这时，西南土司的军事力量几乎殆尽。

崇祯上位后，留给他的就是一个战火不断的国家，这么打仗国库还能有银子么？国家被大小战争拖垮了。等到西南叛乱稍微消停时，明朝已经财力耗尽，国家气数也就尽了。清朝吸取明朝的经验，坚决不搞什么土官治土民，一切都抓在自己的手中，专设云贵总督，有意识加强对边疆的治理，这才强化了国家的统一状态。