1856年七月，杨秀清的手下跑到天王府，向洪秀全汇报了一个令他震惊无比的消息，那就是杨秀清图谋不轨，意欲篡位。值此之际，天京的所有“天兵”均归杨秀清调配，洪秀全除了天王府中的女兵之外，根本没有与杨秀清对抗的资本。十万火急之下，洪秀全只能求助于在外征战的石达开、韦昌辉、秦日纲诸王，想要借助他们的力量除掉杨秀清。

于是，“天京事变”爆发，杨秀清一党均在这起事变中遭到诛杀。

然而，这次的“天京事变”又给太平天国带来了怎样的影响呢？

站在客观的角度看待这件事，其实杨秀清杀洪秀全的可能性不大。前文我们提到，杨秀清打着“天父言事”的幌子操纵政权，所以他自然不会做出“父杀子”一类的蠢事。所以，这起“天京事变”的始作俑者，多半是被逼到绝路上的洪秀全。

为了巩固自己手中的统治权，洪秀全干脆来个鱼死网破，假借他人之手除掉了“天父”杨秀清。至于东王府的告密者，不过是有意安排罢了。不过，洪秀全做梦都没想到，这起内乱竟会造成如此恶劣的影响。一时间，天国子民都意识到一个问题，“天父”、“天兄”之间相互诛杀，这样的神仙难道值得崇拜吗？信仰崩塌的天国子民，终于对这场骗局产生了质疑。

由于石达开的家人在这起事变中惨死，所以石达开愤怒地带着所有天京的天兵离去，出于义愤，及对整个天国的质疑，几十万名天兵毅然决然地追随石达开出城。在天京事变发生后，石达开带走了大部分兵力，以至于天京失去了与朝廷抗衡的资本，战况急转直下。为了稳定局势，洪秀全不得不任命陈玉成、李秀成为新的统帅，接过统领太平军的大任。

所幸，陈、李二人的能力不凡，他们果然在形势急转直下之际，暂时稳住了时局，让太平天国获取了喘息的机会。不过，对于洪秀全而言，此二人不过是临时调用的棋子罢了，他担心杨秀成的事件重演，所以根本不相信二人，反倒故意分散二人的权柄，给他们下绊子。