毛文龙的膨胀，终于让他自取灭亡。

1629年袁崇焕以犒赏三军的理由来到皮岛，来到岛屿后他立即将毛文龙及他的亲信控制住，随后对外公开了毛文龙所犯下的十二条弥天大罪。宣读了毛文龙的罪行后，袁崇焕立即用先斩后奏的尚方宝剑将其杀之后快。

从文献中我们可以看出，坐镇皮岛的毛文龙仗着山高皇帝远，逐渐变得膨胀跋扈，这是事实。不过，袁崇焕所列举的十二条罪状，却未必件件属实。在古代，冒领军饷、军机败坏的情况屡见不鲜，靠海吃海进行走私等商业活动亦是晚明军界不约而同的“潜规则”，按理说，袁崇焕没必要刁难毛文龙，所以这起事件尚存疑窦。

有学者认为，给毛文龙定罪并将其诛杀与党争有直接关系。我们知道，在天启、崇祯时期，东林党与阉党之间的斗争已进行到白热化阶段，东林学院出身的文臣和朝中宦官拼得你死我活。毛文龙常年离京，且没有耳目，他有必要为自己寻找一个靠山。所以，天启年间毛文龙曾与魏忠贤勾结，主动投身了阉党。

崇祯上台后，东林党的势力暴涨，阉党则成了人人喊打的对象。不过，阉党靠着温体仁等少数几个崇祯身边的大红人，倒也不至于土崩瓦解。毛文龙早年便与魏忠贤一党私交甚笃，所以如今的他将温体仁视作靠山，多次将盘剥而来的财物孝敬给温体仁，所以毛文龙的选择让他站在了东林党的对立面。