司马睿上位之初，还是相当仰仗王导的。每次见到王导，都会毕恭毕敬地称他为“仲父”。不过，历史上所有的皇帝都忌惮权臣，司马睿亦不例外。到了后来，司马睿察觉到王氏家族的发展愈发不可控，便开始疏离王导，重用其他家族的士人，企图架空琅琊王氏。

目睹了这一切的王导堂兄王敦，认为皇帝背信弃义，打算兔死狗烹。手握兵权的王敦，于公元322年兴兵造反，准备推翻司马睿的晋王朝。王导的堂兄进行谋反，以至于，琅琊王氏立即被推上了风口浪尖。王导对堂兄进行了谆谆劝说，希望他能浪子回头。

甚至于，为了向朝廷表明心迹，王导还带着二十多名王氏子弟跪在宫门外请求司马睿的原谅，并承诺亲自带兵镇压王敦的叛军。王敦是在战场上摸爬滚打了半辈子的将帅之才，王导乃一介文臣，自然不是其对手，以至于，叛军大获全胜。

不过王导却在战场上对其动之以情晓之以理，总算是说服了王敦。王敦承诺，自己看在王导的面子上，并不逼司马睿退位，而是在藩镇远程遥控朝廷。经此变故之后，仅一年后受惊的司马睿便猝然离世了。

晋明帝司马绍继位后，使用政治手腕恢复了对朝廷的掌控权，掐断了王敦与中央的联系。此时的王敦有些坐不住了，于是再次兴兵作乱，打算颠覆东晋。在这个节骨眼上，王导再次站出来，领兵面对堂兄。

由于，此时的王敦已过了盛年，加之出征时舟车劳顿，这场仗刚刚打起来便过世了。就这样，王导成了东晋王朝的大功臣，琅琊王氏亦没有因为王敦谋反而受到株连。