为了守住最后的希望，蒙古人的反抗十分强烈。

最终，在一场又一场的血战中，蒙古士兵用身躯捍卫了哈拉和林。然而，徐达的大军百折不挠，始终不肯放弃对哈拉和林的攻略。

眼看敌军势头不减，爱猷识里达腊陷入到崩溃的边缘。幸亏这次北征明军拉的战线太长，后勤补给不能及时送到前线，所以不得不放弃这次的战略计划。

看到明军终于撤退，爱猷识里达腊长舒一口气。然而，他心中光复大元的理想此生再无实现的可能。在这种遗憾中，爱猷识里达腊离世，将重担交给了他的儿子脱古思帖木儿。

继承了皇位的脱古思帖木儿，其能统治的领土已小的可怜。一切都回到原点，脱古思帖木儿就像是他的祖先铁木真一样，仅拥有一小片并不富足的疆域。

只不过，此时的蒙古高原形势已趋向稳定，脱古思帖木儿已没有当年铁木真一样崛起的机会，恢复黄金家族的荣光几乎是不可能的。

1388年，蓝玉所率领的明军精锐杀到了克鲁伦河，轻而易举地击败了前来迎击的蒙古军队。残元的多位王爷及三千多名官员、七万余名将士均在这场战争中被俘。

脱古思帖木儿虽然逃脱了战场，但走投无路的他却遭到了部下的背叛，被其部将残忍杀害了。至此，孛儿只斤的正统血脉几乎已断。

这也预示着孛儿只斤氏不再是蒙古高原上地位至高无上的家族。自此以后，许多强大的蒙古部落借此机会脱离了蒙古帝国，成为独立的汗国，不再受宗主国统辖。

1399年，乞儿吉思部落首领贵力赤，在与残元最后一任皇帝额勒伯克进行交涉时，直接否认了他宗主的身份。贵力赤非但不承认额勒伯克的宗主权，还发动战争击败了额勒伯克，夺取了统治各部的权力。

在蒙古高原上持续了二十九年的残元政权彻底灭亡，再无蒙古部落拥有合法的宗主权。历经百年后，蒙古高原上的诸部重新回到了战乱与仇杀之中，为了蒙古帝国大汗的宝座相互厮杀。