北的羌族南迁而来，属于蒙古人种。他们比缅族早一些，大约在公元1世纪前后就已进入缅甸境内。最初，他们居住在缅甸中部东吁市东部，后来迁徙至掸邦高原和萨尔温江流域一带定居。

在蒲甘王朝末期，克伦族曾在东吁建立了国家，但后来被掸族征服。在历史上，克伦族多次遭受缅族、掸族和孟族的征讨，而他们也曾进行反抗，导致彼此结下深仇大恨。1825年，英国发动第一次侵缅战争时，利用这种矛盾，鼓动克伦族带领英军进攻缅甸，占领下缅甸，加深了克伦族与缅族之间的矛盾。1942年，日本法西斯也曾利用这种矛盾制造了缅族和克伦族之间的流血事件。

1947年，克伦族因对建邦问题不满，随即组建了克伦自卫军。1948年7月，克伦自卫军在直通发动武装起义，控制了半个缅甸，后来又被政府军收复，退守缅甸东南一带。1951年，他们建立了克伦自治邦。如今，克伦军与缅甸政府仍在作战，是缅甸16股反政府武装中唯一一股仍在进行反政府行动的少数民族武装。