虽然李莲英已退休回家，但每年所领到的“退休金”仍与一名二品大员的俸禄相当，约为七百二十两。

要知道，“两”与现在的“元”完全是两种概念，七百二十两在当时算是天价退休金，足够让这位老太监过上相当富足的晚年生活。不过，这种待遇李莲英却并没能享受多久。没到两年，李莲英便病故于家中。李莲英死于宣统三年，时年63岁，这时绵延了二百多年的清王朝已是风雨飘摇，灭亡只在旦夕之间。

隆裕太后听闻此事后十分悲伤，拨了一千两银子作为李莲英的丧葬费，给他在恩济庄太监茔修了一所墓。

至此，这个太监走完了自己的人生。

1966年，我国考古学家用了足足一个礼拜的功夫，重新打开了李莲英墓的封石。在看到李莲英棺椁中的情况后，在场的所有人惊诧万分。因为，在棺木中，仅有一颗头骨，李莲英的躯干及四肢竟不翼而飞！比较悲惨的是，李莲英埋葬有头无身记录的档案保留在当今的清廷档案里面。

为何棺木之中仅有一颗头颅，李莲英的躯干和四肢究竟去了哪里？时至今日，考古界仍无法给出解答。

有人认为，棺木中之所以只剩一枚头颅，是因为此前有盗墓贼光顾过这处墓葬。不过，从该墓中的随葬品数量来看，这种说法显然是不成立的。因为，考古人员在李莲英墓中出土了一顶珍贵的钻石帽。仅这顶帽子上钻石，就足足比英国女王伊丽莎白的钻石还大一圈。