人无完人，剧无完剧，《唐朝诡异录》也并非十全十美 。在剧情逻辑方面，个别案件存在一些小瑕疵 。比如在长安红茶案中，阴十郎和仙长的飞升之谜，到最后也没有给出明确的解释，这让不少观众感到疑惑 。鼍神案里，卢凌风被鳄鱼围攻却轻易逃脱的情节，也显得有些不合逻辑 。在参天楼案中，沙斯化身王元通后，撰写《沙斯传》的行为，既提前暴露了自己的身份，又留下了线索，这对于一个连狄仁杰都难以抓住的凶手来说，实在是一个低级错误 。

在人物刻画上，虽然主角团的形象十分鲜明，但部分配角的人物形象还可以更加丰满 。例如，一些案件中的反派角色，其作恶动机和性格特点的展现稍显单薄，仅仅是为了推动剧情而存在，没有给观众留下深刻的印象 。裴喜君这个角色的性格转变也略显突兀，前期她痴情且任性，为了嫁给卢凌风甚至不惜办冥婚，后期面对卢凌风或者其他事件时却变得相对理性和冷静，这种转变缺乏足够的铺垫和解释，使得观众在理解上存在一定的困难 。

在特效方面，虽然大部分特效的运用都十分出色，增强了视觉冲击力，但在一些细节处理上仍有提升空间 。比如在一些幻术场景中，特效的质感还不够逼真，与整体的高质量画面相比，显得有些格格不入 。个别场景的特效与剧情的融合也不够自然，给人一种为了特效而特效的感觉 。