1928年群雄割据，冯玉祥手下的石友三在少林寺放起一把大火，将各殿各堂及钟楼付之一炬，少林寺内珍藏的经书、志书、拳谱全部消失在这场大火中。

那么，冯玉祥为什么要毁掉这座文化底蕴极深的古刹呢？

原来，当时的少林方丈妙兴为了保护少林寺，归顺了吴佩孚，被任命为团长。民国十五年，冯玉祥决定脱离北洋，响应国民革命，遭到了吴佩孚与张作霖的围追堵截。第二年，冯玉祥驻军西安，策应进攻河南的北伐军。在此期间，少林方丈妙兴及其手下的第一团抵达舞阳。同年三月六日，妙兴战死疆场，他的遗体被体信和尚带回少林寺殓葬。民国十七年，樊钟秀趁着冯玉祥后防空虚，以迅雷不及掩耳之势夺取了巩县。

不过，樊钟秀的兵力不足，在打下该地后，没过多久便被冯玉祥的部将石友三击败，被迫南撤。在攻打登封县城的过程中，樊钟秀将指挥部设立在少林寺内。石友三紧咬住樊钟秀的军队不放，打算消灭这支敌军。由于樊钟秀是妙兴方丈的老上司，与少林寺的交情匪浅，所以当时少林寺内的二百名和尚自告奋勇，帮助樊钟秀阻击石友三。在十八盘，僧众协助樊钟秀的军队截击了石友三的军队，结果因寡不敌众，几乎被石友三全灭。

为了追杀剩余的和尚，石友三一路追到了少林寺。本着“跑得了和尚跑不了庙”的心态，石友三在法堂点起一把火，不过由于火势并未蔓延开来，所以当天少林寺并未被全部焚毁。第二天，驻守在登封的旅长苏明启带着大量煤油抵达少林寺，并吩咐士兵将煤油倒在少林寺的各个角落。在冲天的火光中，天王殿、大雄殿、紧那罗殿、六祖殿、阎王殿、龙王殿、钟鼓楼、香积厨、库房、东西禅堂、御座房，这些能叫得上名字的少林建筑，全部毁于一旦。

至此，这座历史悠久的古刹，成为一片废墟。显然，这场劫难因妙兴而起。