崇祯帝见陈新甲不肯认罪，不禁火冒三丈。这样进行下去，那“投降”的罪名，不是要落在自己身上了吗？

为了维护自己的圣君形象，崇祯帝更加严厉地批评陈新甲，想让陈新甲醒悟。可是，愣头青陈新甲还是坚持自辩清白，说什么也不为皇帝背锅。他越是辩解，崇祯帝就越是生气。最后，崇祯帝索性直接将陈新甲打入了死牢。

被押入死牢后，陈新甲彻底傻了眼。为了活命，他让家人四处求人，甚至不惜重金贿赂内阁中的周延儒、陈演等人。此时，他再也不顾及自己是否冤枉，只求留住性命。

周延儒在官场中摸爬滚打多年，非常懂得劝谏的技巧。拿了陈新甲的钱财后，他决定出一份力。趁着斩杀陈新甲的圣旨还未下达，他赶忙劝说道：“陛下，按照惯例，敌方没有逼近城下，可不能杀掉主管军事的兵部尚书啊！”

避着整个事件不谈，只着重强调了陈新甲的官职，这种劝说方式颇为巧妙。崇祯帝若是顺着这个台阶走下来，就有理由不杀陈新甲了。但是，事情发展到这个地步，很多人都猜测崇祯帝参与了议和事件。崇祯帝急于和议和一事撇清关系，于是，决定把整件事都推到陈新甲的身上。

他沉着脸，冷冷地对周延儒说道：“国家如今多灾多难，前前后后共有七位亲王死在流贼手中。你说，这难道不比敌军兵临城下还要危急吗？”周延儒听了之后哑口无言，只得先行告退。当年的九月二十二日，陈新甲被当众处死。崇祯皇帝用这样的方式维护了自己的名望，也让这次珍贵的议和机会化作了泡影。

此后，明王朝继续在流贼和清军两条战线上疲于奔命，最终，在两年之后走向了灭亡。