《时光与他，恰是正好》的故事从林惜的一场误会展开，她误以为季君行是接受哥哥心脏移植的人，出于这份特殊的情感，她开始主动接近季君行 。然而，季君行最初对这个突然出现的女孩充满了疑惑与抗拒，他不明白林惜为何总是对自己 “死缠烂打”。

在一次意外中，林惜不小心扯掉了季君行的裤子，让他当众出糗，这让两人的关系变得更加微妙。但林惜并没有因此退缩，她依旧想尽办法和季君行成为朋友。她会帮季君行完成各种任务，陪他一起参加比赛，在这个过程中，两人的关系逐渐发生了变化 。

季君行在与林惜的相处中，逐渐发现了她的善良、可爱和聪明。他开始习惯林惜在身边的日子，会在她遇到困难时挺身而出，会在她开心时一起分享喜悦。而林惜也在不知不觉中喜欢上了这个外表高冷、内心温暖的男孩 。

剧中对校园生活的描绘十分真实，让人仿佛回到了自己的高中时代。教室里，同学们一起为了考试努力复习，互相讨论问题；操场上，大家尽情地奔跑玩耍，挥洒着青春的汗水。林惜和季君行与朋友们组成了 “东大门小分队”，他们一起经历了许多有趣的事情，也共同面对了生活中的困难和挑战 。

高考的压力让他们更加珍惜彼此的陪伴，他们约定一起考上 “京大”。然而，命运却和他们开了个玩笑。林惜因为父亲出事，错过了最后一场英语考试，只能选择复读 。这一年，季君行和朋友们先她一步进入了京大，他们之间的联系也因此暂时中断。

一年后，林惜遵守承诺，成功考入了京大，成为一名医学生。再次相见时，两人心中都充满了忐忑，但曾经的感情让他们很快就重新走到了一起。在大学期间，他们一起努力，一起创业，为了梦想而奋斗 。